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La gestion de la Fondation, celle des fonds provenant des donations représentent un sujet important pour le Conseil de Fondation. En d’autres termes, il s’agit de minimiser les frais de fonctionnement et administratifs afin qu’ils ne dépassent pas 5% des dons. Actuellement, cet objectif est atteint.

La gestion de la Fondation est soumise à la surveillance de la Confédération Suisse. Cette surveillance s’exerce aussi bien sur la gestion des fonds que sur le respect des buts que la Fondation s’est fixés dans ses statuts. Depuis sa création, la Fondation a reçu chaque année une attestation de conformité de la part de l’organisme de surveillance.

Le Conseil de Fondation fait réviser ses comptes annuels par un cabinet d’audit agréé (OFAS).

L’ensemble  des membres du Conseil de Fondation se rend à Cabrera une fois par an, entièrement à leurs frais, pour vérifier le bon fonctionnement du centre.

La gestion rigoureuse du centre scolaire permet d’obtenir un coût d’exploitation quotidien de 6 CHF ou 5 € par enfant/jour (base année 2019-2020). Ce coût inclut tous les frais de gestion du centre, tels que l’enseignement, la nourriture, le gardiennage, l’entretien du centre et du terrain, les réparations, les salaires des employés.

Le centre scolaire emploie environ 30 personnes pour son bon fonctionnement. Les fonds reçus par la Fondation pour les enfants permettent également de faire vivre 30 familles dans des conditions décentes, par l’intermédiaire des salaires payés.